Chytridiomycota, ou chytridiomycètes : espèces aquatiques dont les spores portent un flagelle. On les considère comme les ancêtres de tous les autres champignons.
Zygomycota, ou zygomycètes : espèces à spores non flagellées dont les cellules ne sont pas séparées par des cloisons.
Ascomycota, ou ascomycètes : les spores sont produites à l'intérieur de sacs (les asques) et sont projetées, à maturité, à l'extérieur par ouverture de l'asque.
Basidiomycota, ou basidiomycètes : les spores se développent à l'extrémité de cellules spécialisées (les basides) et sont dispersées par le vent à maturité.
Glomeromycota, autrefois classés dans les Zycomycota ils sont maintenant considérés comme constituant une division à part.

Les trois modes de nutrition des champignons

Grâce à leur chlorophylle, la plupart des végétaux peuvent fixer le gaz carbonique de l'air par photosynthèse. On dit qu'ils sont autotrophes. Ce n'est pas le cas des champignons, hétérotrophes, qui doivent se débrouiller comme ils peuvent pour se procurer le carbone nécessaire à leur vie. Ils exploitent pour cela leur environnement immédiat, absorbant les matières organiques de trois façons différentes :

.... . Saprophyte : Les champignons peuvent pousser dans de la matière organique morte ou en décomposition (feuilles mortes, débris végétaux ou animaux, excréments): on les appelle saprophytes. On les trouve souvent en forêt, là où cette nourriture, sous forme d'humus, existe en grande quantité. En dégradant ainsi la matière organique morte, les champignons saprophytes remettent à la disposition des autres organismes, plantes et animaux, des éléments minéraux essentiels de nouveau assimilables (azote, phosphore, carbone). Ils participent ainsi au recyclage de la matière organique.
.... . Symbiotique : les mycorhizes sont des champignons qui vivent en parfaite symbiose avec d'autres êtres vivants autotrophes, au point que l'un ne peut vivre sans l'autre. Ainsi, les lichens sont des associations de champignons (essentiellement des Ascomycètes) mais aussi quelques Basidiomycètes) et de cyanobactéries ou d'algues vertes. Le champignon fournit à l'algue protection, eau et sels minéraux et, en retour, celle-ci l'approvisionne en glucides, produits de la photosynthèse. Il existe des cas de symbiose avec des animaux: les champignons aident ainsi fourmis et termites à digérer la cellulose.
Parasite : Les champignons peuvent également tirer parti de la matière organique vivante. Ils sont .... . parasites et vivent aux dépens d'un être vivant à leur propre compte. Souvent pathogènes, ils provoquent des maladies et entraînent parfois la mort de leurs hôtes: d'autres champignons, des algues, des plantes ou des animaux. Les anthracnoses, les mildious, les oïdiums, les rouilles sont des maladies cryptogamiques des végétaux.
Chez l'homme et les animaux des mycoses comme les dermatophytose dues à Trichophyton, les candidoses dues aux levures Candida, les aspergilloses dues aux champignon du genre Aspergillus, les cryptococcoses de Cryptococcus, la teigne, le muguet, la pneumonie, etc. sont des maladies dues à de tels champignons parasites.

Rôle écologique

Bien qu’ils passent souvent inaperçus, les champignons sont présents dans tous les types d’environnement sur Terre et jouent un rôle central dans beaucoup d’écosystème. Avec les bactéries, les champignons sont des décomposeurs qui participent à la dégradation de la matière organique dans les écosystèmes terrestres et aquatiques. Ils ont un rôle primordial dans les cycles biogéochimiques et les chaînes alimentaires. La décomposition de la matière organique végétale par les champignons est une étape essentielle du cycle du carbone.

Quelques champignons, comme les Zoopagales, sont des prédateurs de Nématodes qu’ils capturent au moyen d’anneau ou de pièges adhésifs.

Par ailleurs, les champignons peuvent provoquer des biodétériorations qui peuvent être nuisibles comme lors de contamination et d’altérations organoleptiques de produits alimentaires ou lors de dégradation de divers produits comme le bois, le papier, des textiles, les peintures, la pierre, les métaux et même le verre.

Comestible ou toxique?

On a identifié à ce jour une vingtaine de champignons mortels dans le monde, une trentaine d'excellents comestibles et une grande masse de champignons immangeables car trop amers, âcres, nauséabonds, coriaces, fibreux ou trop minuscules. Comme il n'existe aucun truc fiable pour les départager, il importe d'abord de connaître les champignons dangereux pour se limiter ensuite aux seuls comestibles sûrs et savoureux. Pour apprendre à identifier les champignons rien ne vaut la sortie sur le terrain avec un connaisseur. La liste des champignons toxiques et comestibles peut être consultée chez votre pharmacien (en France), ou sur le site de la Société mycologique de votre région.

Deux types de toxicité sont à considérer

.... . La toxicité intrinsèque de certaines espèces liée à des toxines organiques produites par le champignon, qui provoquent par exemple des hallucinations, des douleurs abdominales, nausées, diarrhée sanglante, coliques, paralysies pouvant conduire à la mort (voir les détails sur la page mycotoxicologie)
.... . La toxicité induite par la forte capacité de certains champignons (dont par des espèces comestibles et recherchées) à bioaccumuler certains métaux lourds toxiques (dont mercure, plomb, cadmium, sélénium, et, à un moindre degré cobalt, nickel et chrome (le chrome VI est très toxique). Les taux de cadmium mesurés dans les champignons de certaines régions où le sol est naturellement riche en cadmium ou pollué par du cadmium anthropique sont suffisant pour poser de graves problèmes de néphrotoxicité (attaque du système rénal), voire exceptionnellement pour tuer par empoisonnement aigu. Ces doses de métaux sont à ajouter à celles qui sont également ingérées (mercure, cadmium..) dans certains poissons. L'exposition à des doses souvent faibles à moyennes de radionucléide via l'exposition de champignons a des effets qui sont encore très discutés pour les faibles doses, mais les études qui ont suivi la catastrophe de Tchernobyl ont montré que le champignon était l'une des premières sources de radioactivité dans l'alimentation dans les zones de retombées du nuage.

En cas d'empoisonnement, le médecin peut confondre ces deux types d'intoxications.

La contamination et l'empoisonnement occasionnels d'animaux tels que vaches chevaux, chèvres moutons par les métaux lourds pourrait en partie être due à la consommation de champignons, y compris d'espèces à fructification souterraines, qui passent inaperçues, telles que la truffe du cerf ou les truffes recherchées par les sangliers, les écureuils ou quelques micromammifères.

Comme le rappelle Didier Michelot du CNRS, la possibilité d'empoisonnements graves, distincts de ceux produits par les toxines organiques, et dus à la consommation de spécimens appartenant aux genres (Agaricus, Pleurotus, etc...) n'est pas exclue en raison de leur capacité à concentrer des métaux toxiques (dont cadmium, plomb, mercure..) à des doses très supérieures aux seuils toxicologiques.

Il est recommandé d'éviter les champignons récoltés dans les villes, aux abords des grands axes routiers (dont les autoroutes), dans et autour des zones polluées, dans les zones où les retombées de Tchernobyl se sont concentrées et dans les anciennes zones rouges ou d'autres polluées par les guerres. Dans quelques pays, et à plusieurs occasions, des publications officielles ont averti les individus de la possibilité d'empoisonnement provoqué par les métaux lourds dans les champignons. Les métaux ou la radioactivité (due au Césium de Tchernobyl par exemple) peuvent mettre plusieurs décennies (20 ans pour le césium qui descend dans le sol à raison d'environ 1cm/an) avant d'atteindre la zone de prospection des champignons. Parfois, il faut le temps que l'arbre bioaccumulateur pousse (décennies à siècles) avant que le champignon n'en décompose la lignine en accumulant les toxiques qui s'y sont accumulés. La plupart des pays riches imposent un contrôle sur les champignons importés, mais les champignons sauvages ne font pas l'objet d'un suivi poussé.

À titre d'exemple et à partir des analyses faites par D Michelot (CNRS) en France, on peut retenir qu'un repas typique composé de 200g (portion moyenne) d'Agaricus arvensis frais, espèce très appréciée des cuisiniers, contenait en France 2 mg de cadmium, soit 100 fois la dose permise par les autorités de santé publique.

Des risques similaires sont posés par d'autres champignons dont certains recherchés par les amateurs :

Agaricus silvicola (30,6 ppm de cadmium),
Agaricus bresadolianus (10,7 ppm de cadmium) et, moindrement ;
Suillus variegatus (4 ppm de cadmium).
Les Agaricales accumulent les plus grandes quantités.

La teneur la plus élevée en mercure est détectée chez

Suillus variegatus (94 ppm)
Agaricus aestivalis (87,4 ppm),
Agaricus arvensis (84,1 ppm),
Pleurotus eryngii (82 ppm).
Le plomb a été détecté à des taux très élevés chez

Agaricus bresadolanus (52,2 ppm),
Morchella esculenta (44,2 ppm),
Fistulina hepatica (42,7 ppm),
Clitocybe nebularis (43 ppm),
Leccinum crocipodium (Boletus) (42,1 ppm).
Il est par ailleurs probable que les champignons symbiotes jouent un rôle dans l'accumulation de métaux dans le bois.

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